Bio-OS MCP服务器
基于模型上下文协议（MCP）的Bio-OS工具和提示服务器，提供工作流管理和Docker镜像构建功能。
用法
我们建议使用VSCode的CLINE扩展与此MCP工具进行交互。有两种部署选项可供选择：在本地计算机上独立安装或在Miracle Cloud IES实例中使用Code Server。选择最适合您需求的选项。
本地安装（通过本地VSCode使用MCP）
先决条件
Bio-OS MCP服务器需要以下依赖关系：
- 安装uv（Python包管理器）：
pip install uv- 安装Cromwell（工作流执行引擎）：
brew install cromwell安装
克隆Bio-OS MCP服务器存储库：
git clone https://github.com/GBA-BI/bioos-mcp-server.git配置
在CLINE的MCP设置中配置Bio-OS MCP服务器脚本路径。将占位符替换为安装的绝对路径：
{
"mcpServers": {
"bioos": {
"command": "path/to/uv",
"args": [
"--directory",
"path/to/bioos-mcp-server",
"run",
"path/to/bioos-mcp-server/src/bioos_mcp/bioos_mcp_server.py"
],
"env": {
"PYTHONPATH": "path/to/bioos-mcp-server/src",
"MIRACLE_ACCESS_KEY": "xxxxxxxxxxxx",
"MIRACLE_SECRET_KEY": "xxxxxxxxxxxx"
}
}
}
} 按照下面显示的配置过程进行操作。当状态变为绿色时，Bio-OS MCP服务器已准备好使用。如果连接不稳定，请单击“重试连接”： !
由于CLINE尚不支持MCP提示，请复制以下内容 bioos-mcp-prompt.md 进入CLINE的自定义说明以获得最佳体验： !
完成配置后，您可以开始使用Bio-OS MCP服务器进行开发。
云安装（通过Miracle Cloud中的代码服务器使用MCP）
对于Miracle Cloud用户，我们提供了一个预配置的Docker镜像，其中包含所有Bio-OS MCP服务器依赖项。请按照以下步骤操作：
- 使用图像启动IES实例：
registry-vpc.miracle.ac.cn/infcprelease/iespro:250217 - 选择“使用VSCode打开”以访问开发环境：
! !
代码服务器中的配置
- 单击左侧边栏中的CLINE图标并配置LLM模型凭据：
!
- 导航到CLINE的MCP配置页面，并验证Bio-OS MCP服务器是否已正确连接。如果需要，请使用“重试连接”：
!
配置后，您可以开始使用Bio-OS MCP Server进行开发。
特性
1.工作流管理
- 提交和监控工作流
- 上传WDL工作流
- 验证WDL脚本
- 生成输入文件模板
2.Docker镜像管理
- 构建Docker镜像
- 检查构建状态
- 监控构建进度
- 检索构建日志
API 参考
工具
submit_workflow
- 功能：提交Bio-OS工作流 - 参数： - ak：访问密钥 - sk：密钥 - workspace_name：工作区名称 - workflow_name：工作流名称 - input_json：输入json文件路径
import_workflow
- 功能：将WDL工作流上传到Bio-OS系统 - 参数： - ak：访问密钥 - sk：密钥 - workspace_name：工作区名称 - workflow_name：工作流名称 - 工作流_源：WDL文件路径 - workflow_desc：工作流描述
validate_wdl
- 功能：验证WDL工作流脚本 - 参数： - wdl_path:wdl文件路径
generate_inputs
- 功能：生成WDL输入文件模板 - 参数： - wdl_path:wdl文件路径
build_docker_image
- 功能：构建Docker镜像 - 参数： - 注册表：映像注册表地址 - namespace_name：命名空间 - repo_name：存储库名称 - tag:版本标签 - source_path：Dockerfile或存档路径
check_build_status
- 功能：检查Docker镜像构建状态 - 参数： - task_id：生成任务id
download_gse_data
- 功能：启动异步任务，从NCBI GEO下载GSE数据集文件 - 参数： - gse_id：要下载的gse id（例如GSE1000） - target_dir：目标文件夹的绝对路径
get_gse_download_status
- 功能：检查GSE下载任务的进度 - 参数： - task_id：download_gse_data返回的任务id
提示（Cline尚不支持）
wdl_development_workflow_prompt
- 功能：为WDL工作流开发生成完整的指导 - 内容： - WDL脚本开发步骤 - 任务结构指南 - 运行时配置要求 - Docker镜像准备指南
wdl_runtime_prompt
- 功能：生成WDL运行时配置模板 - 内容： - 所需的docker镜像配置 - 内存设置（默认值：8 GB） - 磁盘设置（默认值：20 GB） - CPU设置（默认值：4）
workflow_input_prompt
- 功能：生成工作流输入准备指南 - 内容： - 输入文件准备步骤 - 参数验证指南 - 文件路径要求
workflow_submission_prompt
- 功能：生成工作流提交模板 - 内容： - 所需凭据（ak/sk） - 工作空间配置 - 输入文件要求
docker_build_prompt
- 功能：生成Docker构建流程指南 - 内容： - Docker文件生成步骤 - 构建配置要求 - 图像注册表设置 - 构建状态监控指南
注意：Cline环境目前不支持提示。这些提示仅在直接或通过Claude Desktop使用MCP服务器时可用。
✅ MCPHub认证
\ 此服务器由官方认证 MCPHub。在我们的MCPHub配置文件页面上验证认证状态。
贡献
欢迎问题和拉取请求。
许可证
MIT许可证