Bio MCP

生物 MCP

一个二进制。一个语法。来自你已经信任的生物医学来源的证据。

描述

BioMCP穿越了通常的生物医学数据迷宫：一个查询到达 通常位于不同API、标识符和搜索后面的源 习惯。研究人员、临床医生和代理人使用相同的命令语法 搜索、聚焦和透视，而无需为每个源重新构建工作流。你 在实时公共数据和本地研究分析中获得紧凑、以证据为导向的结果。

特性

• 搜索文献： search article PubTator3和

欧洲PMC，消除重复的PMID/PMCID/DOI标识符，并可以添加语义 学者腿，当你的过滤器支持它。

• 无需返工即可旋转： 从基因、变体、药物、疾病、途径转移，

蛋白质或文章直接进入下一个内置视图，而不是 手工重建过滤器。

• 选择一个剧本： biomcp suggest "" 生物医学路线

问题到一个附带的工作示例和两个启动器命令。

• 分析本地研究： study 命令包括本地查询、队列、生存、，

与本机终端、SVG和PNG进行比较和共现工作流 下载的cBioPortal风格数据集的图表。

• 遵循文件记录： article citations, article references,

article recommendations，以及 article entities 将一篇已知论文转化为 更广泛的证据图。

• 浓缩和分批： 使用 biomcp enrich 对于顶级g:分析器

丰富和 biomcp batch 最多10个焦点 get 呼叫一 命令。

安装

二进制安装

curl -fsSL https://biomcp.org/install.sh | bash

PyPI工具安装

uv tool install biomcp-cli
# or: pip install biomcp-cli

这将安装 biomcp PATH上的二进制文件。

克劳德桌面扩展（.mcpb）

当路径为时，从Claude Desktop中的Anthropic目录安装BioMCP 适用于您的环境。对于本地/手动设置，请使用JSON MCP 配置如下。

安装技能

将引导式调查工作流安装到您的代理目录中：

biomcp skill install ~/.claude --force

MCP客户端

{
  "mcpServers": {
    "biomcp": {
      "command": "biomcp",
      "args": ["serve"]
    }
  }
}

远程HTTP服务器

对于共享或远程部署：

biomcp serve-http --host 127.0.0.1 --port 8080

远程客户端连接到 http://127.0.0.1:8080/mcp探测路线如下 GET /health, GET /readyz，以及 GET /.

可运行演示：

uv run --script examples/streamable-http/streamable_http_client.py

看 远程HTTP服务器 为了 新手指南。

来源

make install
"$HOME/.local/bin/biomcp" --version

对于回购本地验证， make check 现在包括关键版本 Python/docs合约通道(make test-contracts)，以及 make release-gate 是 全面释放准备司令部(make check 加 make spec-pr).

快速启动

30秒内的第一个有用查询：

uv tool install biomcp-cli
biomcp health --apis-only
biomcp suggest "What drugs treat melanoma?"
biomcp list gene
biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma  # unified cross-entity discovery
biomcp get gene BRAF pathways hpa

命令语法

search  [filters]    → discovery
suggest            → playbook routing for how-to questions
discover              → concept resolution before entity selection
get   [sections] → focused detail
         → cross-entity pivots
enrich      → gene-set enrichment
batch   → parallel gets
search all [slot filters]    → counts-first cross-entity orientation

实体和来源

下表13行为公共实体界面；单个行可以使用 实时API、本地运行时数据或混合源覆盖。

跨实体助手

在相关实体之间进行枢轴转换，而无需重建过滤器。

请参阅 跨实体枢轴指南 当...时 使用助手而不是重新搜索。

biomcp variant trials "BRAF V600E" --limit 5
biomcp variant articles "BRAF V600E"
biomcp drug adverse-events pembrolizumab
biomcp drug trials pembrolizumab
biomcp disease trials melanoma
biomcp disease drugs melanoma
biomcp disease articles "Lynch syndrome"
biomcp gene trials BRAF
biomcp gene drugs BRAF
biomcp gene articles BRCA1
biomcp gene pathways BRAF
biomcp pathway drugs R-HSA-5673001
biomcp pathway drugs hsa05200
biomcp pathway articles R-HSA-5673001
biomcp pathway trials R-HSA-5673001
biomcp protein structures P15056
biomcp article entities 22663011
biomcp article citations 22663011 --limit 3
biomcp article references 22663011 --limit 3
biomcp article recommendations 22663011 --limit 3

基因集富集

biomcp enrich BRAF,KRAS,NRAS --limit 10

顶层 biomcp enrich 用途 g： 分析器内部基因富集区 其他实体视图仍在引用 Enrichr 那是什么支持 来源。

章节和渐进式披露

每 get 命令支持用于集中输出的可选部分：

biomcp get gene BRAF                    # summary card
biomcp get gene BRAF pathways           # add pathway section
biomcp get gene BRCA1 diagnostics       # diagnostic-test pivot from GTR
biomcp get gene BRAF hpa                # protein tissue expression + localization
biomcp get gene BRAF civic interactions # multiple sections
biomcp get gene BRAF all                # standard sections; diagnostics/funding stay opt-in

biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar population conservation
biomcp get article 22663011 tldr
biomcp get drug pembrolizumab label targets civic approvals
biomcp get drug trastuzumab regulatory --region who
biomcp get disease "Lynch syndrome" genes phenotypes variants
biomcp get disease tuberculosis diagnostics
biomcp get diagnostic GTR000006692.3 regulatory
biomcp get trial NCT02576665 eligibility locations outcomes

在JSON模式下， get 反应暴露 _meta.next_commands 对于下一个可能 跟进和 _meta.section_sources 用于分段级来源。 batch ... --json 返回具有相同元数据形状的每个实体对象。

API密钥

大多数命令在没有凭据的情况下工作。可选按键可提高速率限制或 解锁可选丰富功能：

export NCBI_API_KEY="..."        # PubTator, PubMed/efetch, PMC OA, NCBI ID converter
export S2_API_KEY="..."          # Optional Semantic Scholar auth; dedicated quota at 1 req/sec
export OPENFDA_API_KEY="..."     # OpenFDA rate limits
export NCI_API_KEY="..."         # NCI CTS trial search (--source nci)
export ONCOKB_TOKEN="..."        # OncoKB variant helper
export ALPHAGENOME_API_KEY="..." # AlphaGenome variant effect prediction

search article, get article, article batch, get article ... tldr，以及 明确的语义学者助手都没有 S2_API_KEY.随着 密钥，BioMCP发送经过身份验证的请求，并使用专用速率限制 1请求/秒。如果没有它，BioMCP将以1请求/2秒的速度使用共享的未经身份验证的池。 search article --source 支持 all, pubtator, europepmc，以及 pubmedThe 默认兼容文章联盟使用PubTator3、Europe PMC和PubMed， 而S2腿保持自动而不是直接可选。参考文献 由于出版商的原因，付费墙论文的推荐可能是空的 语义学者上游覆盖中的省略。

配置

Claude桌面扩展设置

目录捆绑包仅公开第一个所需的可选设置 面向审阅者的构建：

第一个目录构建只公开了这三个可选设置。高级 仅CLI环境变量仍记录在 API密钥 对于一般的BioMCP CLI路径。

用法示例

公共跨实体概述

用户提示： 给我一个关于黑色素瘤BRAF的低噪音概述。

预期工具调用： biomcp search all --gene BRAF --disease melanoma --counts-only

预期行为： 返回一个跨实体计数摘要，用于确定 下一个命令，而不是转储长的详细信息表。

预期产量： 统计第一个摘要和建议的下一个命令 最高收益实体跟进。

公共变体证据

用户提示： 总结BRAF V600E的临床意义和人群频率。

预期工具调用： biomcp get variant "BRAF V600E" clinvar population

预期行为： 检索聚焦的变体卡，ClinVar部分，以及 一次只读调用中的人口频率数据。

预期产量： 变体摘要、ClinVar意义细节和gnomAD 人口频率。

OncoKB认证示例

用户提示： 显示BRAF V600E的OncoKB治疗证据。

预期工具调用： biomcp variant oncokb "BRAF V600E"

预期行为： 用途 ONCOKB_TOKEN 配置时和其他情况 返回有关丢失凭据的有用指导。

预期产量： 治疗和水平证据 ONCOKB_TOKEN 已设置，或 如果没有，则会给出明确的设置提示。

DisGeNET认证示例

用户提示： 显示得分为TP53的DisGeNET关联。

预期工具调用： biomcp get gene TP53 disgenet

预期行为： 用途 DISGENET_API_KEY 检索得分 基因疾病关联科。

预期产量： 疾病关联表，包括证据计数和 得分时 DISGENET_API_KEY 已配置。

隐私政策

BioMCP不添加遥测、分析或远程日志上传。查看 完整隐私声明 .

多工人部署

生物MCP速率限制是局部过程。对于许多并发工作者，运行一个共享 可流式传输的HTTP biomcp serve-http 端点，因此所有工作人员共享一个 预算限制：

biomcp serve-http --host 0.0.0.0 --port 8080

远程客户端应连接到 http://:8080/mcp.轻量化工艺 探头可在 GET /health, GET /readyz，以及 GET /.

技能

BioMCP附带了嵌入式代理指南，而不是可浏览的二进制目录。 使用 biomcp suggest "" 当你需要正确的示例时， 然后使用 biomcp skill 阅读嵌入式BioMCP指南或将其安装到 当您需要工作流引用的本地副本时，请访问您的代理目录：

biomcp suggest "Is variant rs113488022 pathogenic in melanoma?"
biomcp skill
biomcp skill install ~/.claude --force

看 技能 对于支持的安装目标， 已安装的文件和旧版兼容性说明。

本地研究分析

study 是BioMCP的本地分析系列，用于下载cBioPortal风格的数据集。 公共实体表面处理API支持、本地运行时间和混合 发现/细节； study 当您需要时，命令可以在本地数据集上工作 根据研究查询、队列、生存、比较或共现工作流程。

使用 study download 将数据集提取到本地研究根中。集 BIOMCP_STUDY_DIR 当您需要一个显式的数据集位置以进行可复制时 脚本和演示；如果未设置，BioMCP将回退到其默认的研究根。

export BIOMCP_STUDY_DIR="$HOME/.local/share/biomcp/studies"
biomcp study download msk_impact_2017
biomcp study query --study msk_impact_2017 --gene TP53 --type mutations --chart bar --theme dark --palette wong -o docs/blog/images/tp53-mutation-bar.svg

请参阅 CLI参考 对于完整 study 命令族和数据集的先决条件。

运维

biomcp version                            # show version and build info
biomcp health                             # inspect API connectivity plus local DDInter/EMA/cache readiness
biomcp update                             # self-update with release SHA256 checksum verification
biomcp update --check                     # check for updates without installing
biomcp update --allow-missing-checksum    # UNSAFE: install when a release checksum sidecar is missing
biomcp uninstall                          # remove biomcp from ~/.local/bin

支持

• GitHub问题：
• 故障排除： docs/故障排除.md
• 完整文档：

文档

• 入门指南
• 搜索所有工作流
• 生物ASQ基准
• 跨实体枢轴指南
• 隐私政策
• 源许可和条款
• 数据源
• 快速参考
• 故障排除

引用

如果您在研究中使用BioMCP，请通过以下方式引用 CITATION.cff. GitHub也公开了 Cite this repository 当该文件存在时，在存储库侧栏中。

数据来源和许可

BioMCP获得了麻省理工学院的许可。它对上游提供者执行按需查询，而不是出售或镜像他们的数据集，但上游术语控制着检索结果的重用。

一些提供商是完全开放的，一些BioMCP功能需要注册或API密钥，一些可查询的源仍然存在显著的重用限制。两个最大的警告是KEGG，它区分了学术和非学术用途，以及COSMIC，BioMCP之所以保持间接使用，只是因为其许可模式与直接的开放集成不兼容。

使用 源许可和条款 对于每个来源的细分 API密钥 有关设置步骤和注册链接。

许可证

麻省理工学院