alphafold2 MCP

AlphaFold2 MCP服务器

通过Docker预测单体、多聚体和批处理的蛋白质结构

用于AlphaFold2蛋白质结构预测的MCP（模型上下文协议）服务器，具有5个核心工具：

• 预测单个蛋白质（单体）的三维结构
• 预测蛋白质复合物（多聚体）
• 批量处理多种蛋白质
• 提交长时间运行的作业并跟踪其进度
• 分析FASTA文件并获得建议

Docker快速入门

方法1：从GitHub中提取预构建映像

最快的开始方式。每次发布时，预构建的Docker镜像都会自动发布到GitHub容器注册表。

# Pull the latest image
docker pull ghcr.io/macromnex/alphafold2_mcp:latest

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add alphafold2 -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` --gpus all --ipc=host -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/alphafold2_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 ` pwd ` 展开到当前工作目录。

要求：

• 支持GPU的Docker(nvidia-docker 或带有NVIDIA运行时的Docker）
• 已安装克劳德代码

就是这样！AlphaFold2 MCP服务器现在可以在Claude Code中使用。

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方法2：在本地构建Docker镜像

自己构建映像并将其安装到Claude Code中。适用于自定义或离线环境。

# Clone the repository
git clone https://github.com/MacromNex/alphafold2_mcp.git
cd alphafold2_mcp

# Build the Docker image
docker build -t alphafold2_mcp:latest .

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add alphafold2 -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` --gpus all --ipc=host -v `pwd`:`pwd` alphafold2_mcp:latest

注： 从项目目录运行。 ` pwd ` 展开到当前工作目录。

要求：

• 支持GPU的Docker
• 已安装克劳德代码
• Git（克隆存储库）

关于Docker标志：

• -i --Claude Code的交互模式
• --rm --退出后自动移除容器
• ` --user id -u:id -g ` --以当前用户身份运行容器，因此输出文件归您所有（不是root）
• --gpus all --授予对所有可用GPU的访问权限
• --ipc=host --使用主机IPC命名空间以获得更好的性能
• -v --装载您的项目目录，以便容器可以访问您的数据

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验证安装

添加MCP服务器后，您可以验证它是否正常工作：

# List registered MCP servers
claude mcp list

# You should see 'alphafold2' in the output

在Claude Code中，您现在可以使用所有5个AlphaFold2工具：

• submit_monomer_prediction
• submit_multimer_prediction
• submit_batch_prediction
• get_job_status
• get_job_result

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后续步骤

• 详细文件：参见 detail.md 有关以下内容的全面指南：

- 可用的MCP工具和参数 - 本地Python环境设置（Docker的替代方案） - 示例工作流和用例 - 配置文件选项 - AlphaFold数据库设置

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使用示例

注册后，您可以直接在Claude Code中使用AlphaFold2工具。以下是一些常见的工作流程：

示例1：单体结构预测

I have a protein sequence in /path/to/protein.fasta. Can you submit a monomer structure prediction using submit_monomer_prediction with the reduced_dbs preset and save results to /path/to/results/?

示例2：蛋白质复合物预测

I have two protein chains in /path/to/complex.fasta that I want to model as a heterodimer. Can you use submit_multimer_prediction to predict the complex structure and generate 5 prediction attempts?

示例3：批处理

I have a directory of FASTA files at /path/to/sequences/ containing 10 proteins. Can you submit them for batch prediction using submit_batch_prediction and track the job status until they complete?

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故障排除

找不到Docker？

docker --version  # Install Docker if missing

GPU无法访问？

• 确保安装了NVIDIA Docker运行时
• 核对 docker run --gpus all ubuntu nvidia-smi

未找到克劳德代码？

# Install Claude Code
npm install -g @anthropic-ai/claude-code

AlphaFold数据库丢失？

• 从官方AlphaFold数据库库下载
• 使用 reduced_dbs 预设用于在没有完整数据库的情况下进行更快的测试

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许可证

基于 DeepMind AlphaFold --Apache 2.0