AGR MCP Server

AGR MCP服务器

MCP查询服务器 基因组资源联盟 -模型生物的基因组学数据。

安装

选项1:npx（推荐）

无需安装。添加到MCP客户端配置中：

{
  "mcpServers": {
    "agr-genomics": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "agr-mcp-server"]
    }
  }
}

选项2：全局安装

npm install -g agr-mcp-server

然后在你的配置中使用：

{
  "mcpServers": {
    "agr-genomics": {
      "command": "agr-mcp-server"
    }
  }
}

配置文件位置

用法

自然地提问：

• “在人类中寻找BRCA1基因”
• “哪些基因参与DNA修复？”
• “获取有关HGNC:1100的信息”
• “寻找胰岛素基因的直系同源物”
• “TP53与哪些疾病有关？”
• “显示蠕虫中daf-2的表达式数据”
• “查找所有具有激酶活性的人类基因”
• “查询AllianceMine 11号染色体上的小鼠基因”

支持的物种

人、小鼠、大鼠、斑马鱼、苍蝇、蠕虫、酵母、爪蟾

工具

AGR API工具

Alliance矿山工具

AllianceMine查询示例

使用查询生成器：

Find human genes with BRCA in symbol:
- from: Gene
- select: primaryIdentifier, symbol, name
- where: organism.shortName = "H. sapiens", symbol CONTAINS "BRCA"

使用模板：

Gene_Alleles - Find alleles for a gene
Gene_DOTerm - Disease annotations for a gene
Gene_GOTerms - GO annotations for a gene
GOTerm_Genes - Find genes by GO term

认证

列表管理操作(mine_create_list, mine_add_to_list, mine_delete_list)需要AllianceMine API令牌：

{
  "mcpServers": {
    "agr-genomics": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "agr-mcp-server"],
      "env": {
        "ALLIANCEMINE_TOKEN": "your-token-here"
      }
    }
  }
}

基因ID格式

数据源

• 基因组资源联盟API
• 联盟矿山

许可证

麻省理工学院